Dirigida por Mitsuo Fukuda (Future GPX Cyber Formula y Gear Fighter Dendoh), la serie está situada en un universo alternativo, en el año 71 de la Era Cósmica (EC). La trama empieza con una guerra entre la Tierra y las colonias, similar a la ""Guerra de un Año"" que pudimos ver en la serie original de Gundam. Por un lado está la Alianza de la Tierra y por el otro las colonias espaciales que forman la ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty).
La humanidad ha evolucionado en nuevas formas gracias a la ingeniería genética, con seres humanos normales conocidos como ""Naturales"" y los alterados genéticamente conocidos como ""Coordinadores"". Una vez más, un joven civil que odia la guerra se encuentra pilotando un Gundam, y esta vez el héroe es un ""Coordinador"" llamado Kira Yamato. Al principio es forzado a luchar contra su propia gente, pero ahora se encuentra en medio de una guerra entre dos gobiernos cuyo único objetivo es el genocidio.
