Esta es la historia de la pequeña Chise, una chica muy joven que apenas acaba de dejar la niñez. Una chica bajita, tímida, patosa y debilucha que siempre se disculpa por todo. Apenas la promesa de lo que algún día podría llegar a ser una mujer.
La pequeña Chise ha empezado a salir con Shû, un joven algo mayor que ella, alto y con fama de ser un poco bruto. En esa edad en la que los chicos se comportan con un punto de brutalidad, en la que ya han descubierto que las chicas no son solo "esas cosas con falda", pero en la que aún no saben expresarse.
Parecería que esta no es más que otra historia de amores y desamores, pero hay una diferencia. La diferencia es que Chise es "El Arma Definitiva".
El mundo está en guerra. Una guerra que se libra en puntos localizado. Una guerra en la que Japón tiene un arma secreta.
Chise fue "modificada".
Ella puede transformarse en una terrible arma de devastación, un arma que evoluciona y que solo esta bajo el control de Chise hasta cierto punto. Ella puede destruir una ciudad. Salvar vidas y segar las de otras personas.
Pero Chise es solo una niña, una niña que es usada como un arma, como un instrumento por otros para luchar en una guerra que no comprende. Chise tiene miedo.
No sólo miedo de ser un arma. Miedo por no ser ya completamente humana. Miedo a que los demás la rechacen por lo que es (aunque sea un secreto), miedo a que si ella no hace lo que le dicen "los señores del ejercito" muera mucha gente
Shuji y Chise son estudiantes de tercer año de la escuela superior en Hokkaido. La tímida Chise finalmente se declara a Shuji y, vergonzosamente, empiezan a compartir un diario.
Un día, Shuji intentó escapar de un bombardeo en Sapporo. Mientras escapaba desesperadamente del ataque aereo, Shuji vió una escena que no olvidaría en su vida. Él vió a Chise, con una gigantesca arma que formaba parte de su brazo, derribando a los enemigos uno a uno. Al parecer, Chise es el arma definitiva con un poder destructivo que es importantísimo para la guerra.
¿Cómo puede Shuji afrontar la realidad de que su amor se ha convertido en una arma definitiva con un gran poder destructivo?.
